در بهار سال ۵۹ خمینی اقدام به تصرف خونین دانشگاه ها کرد، آماج او کنترل دانشگاه ها بود، هدفی که تا امروز محقق نشده است.
۲۶ فروردین هاشمی رفسنجانی برای سخنرانی به دانشگاه تبریز می‌رود. او تصمیم می‌گیرد تا جلوی ساختمان مرکزی دانشگاه تبریز مستقر شود و در جمع هواداران جمهوری اسلامی! سخنرانی کند. به این ترتیب او می‌خواهد هواداران ولایت فقیه را دور خود متشکل کند، اما به خاطر اعتراض دانشجویان مجبور به ترک صحنه می‌شود.
توطئه هواداران ولایت فقیه برای تسلط بر دانشگاه تبریز در آن نقطه شکست می‌خورد اما آنها گام بعدی را بر می‌دارند و به ساختمان مرکزی دانشگاه حمله می‌کنند و با استفاده از خشونت، مسولان و کارکنان را از آنجا بیرون می‌کنند. خواسته آنها پاکسازی دانشگاه از دانشجویان، اعضای هیات علمی و کارکنان مخالف ولایت فقیه است.
در حرکتی هماهنگ شده نیروهای خمینی از بیرون وارد دانشگاه ها می‌شوند و زیر عنوان امت حزب الله یا دانشجویان پیرو خط امام شروع به ضرب و شتم دانشجویان و اساتید برای تصرف دانشگاه ها به هر قیمتی می‌کنند. تا ۲۹ فروردین بسیاری از دانشگاه های کشور با استفاده از خشونت مفرط توسط پیروان ولایت فقیه تصرف می‌شود. اما سرکوب کامل دانشجویان و اساتید، و آماده کردن دانشگاه ها برای تعطیلی نهایی تا نیمه اردیبهشت به طول انجامید. در این زمان شورای انقلاب به صحنه آمد و دانشگاه ها را تا مدت نامعلومی تعطیل کرد.
خمینی صحنه گردان اصلی این ماجرا بود. بعد از پیروزی انقلاب در سال ۵۷، او تلاش کرده بود تا به تدریج تمام قسمت های جامعه را تحت کنترل خود درآورد. او به روشنی می‌دانست که ولایت فقیه از پایه و موقعیتی در دانشگاه برخوردار نیست.
خمینی در بند ۱۱ پیام نوروزی اش در اول فروردین ۵۹ بر ضرورت ایجاد «انقلاب اساسی در دانشگاه‌های سراسر کشور»، «تصفیه اساتید مرتبط با شرق و غرب» و «تبدیل دانشگاه به محیطی سالم برای تدوین علوم عالی اسلامی»! تأکید کرده بود.
در زمانی که پیروان ولایت فقیه به اشاره او مشغول ضرب و شتم دانشجویان و اساتید در دانشگاه ها بودند تا بتوانند «دانشگاه» را به تصرف در‌آورند، خمینی در اول اردیبهشت در یک سخنرانی به عدم فرمانبرداری دانشگاه از خودش اذعان کرد و گفت: « ما می‌خواهیم که چنانچه ملت ایران در مقابل غرب ایستاد، جوان‌های دانشگاهی ما هم همه در مقابلش بایستند.»
در طول تهاجمات هواداران ولایت فقیه به دانشگاه ها دهها نفر از دانشجویان کشته و صدها نفر مجروح شدند.
بعد از تعطیلی دانشگاه ها خمینی با صدور حکمی جمعی از نیروهای خودش را به عنوان «ستاد انقلاب فرهنگی» معرفی کرد. این ستاد موظف شد تا دانشگاهی تحت تسلط ولایت فقیه را طراحی و ارائه دهد. [ایسنا ۲اردیبهشت۹۶]
دانشگاه ها تا ۲۷ آذر ۱۳۶۱ بسته ماندند و بعد از بازگشایی تنها از طریق تفتیش عقاید و احراز بی خطر بودن دانشجویان و اساتید برای ولایت فقیه، اجازه ورود به دانشگاه داده می‌شد.
در طول ماههای تعطیلی دانشگاه ها بسیاری از دانشجویان و اساتید دستگیر، شکنجه و اعدام شدند. بسیاری دیگر مجبور به ترک کشور گردیدند.
دانشگاه در ایران همواره مهد آگاهی و آزادی بوده است. بسیاری از رهبران و اعضا گروههای انقلابی در زمان شاه از دانشگاهها برخاستند. در زمان ولایت فقیه نیز دانشگاه کانون مخالفت و تسلیم نشدن در برابر ولایت فقیه بود. کلاس های فلسفه در دانشگاه صنعتی شریف و میتینگ های بزرگ در دفاع از آزادی و مخالفت با ولایت فقیه، از صحنه هایی است که از خاطره‌ی تاریخ ایستادگی در برابر ولایت فقیه در فاصله سال های ۵۷ تا ۵۹ زدوده نخواهد شد.
خمینی برای کنترل دانشگاه ها در دوران بعد از بازگشایی! نهادهای گوناگونی در نظر گرفت تا فعالیت دانشجویان را به کنترل درآورد. نهادهایی مانند: انجمن اسلامی، جهاد دانشگاهی، کمیته انضباطی، حراست، دفتر نمایندگی ولی فقیه، بسیج دانشجویی و ...
یکی از آخرین تلاش های ولایت فقیه برای کنترل دانشگاه، دفن اجساد باقی مانده از جنگ هشت ساله در دانشگاه هاست. این کار بهانه لازم، برای تجمع نیروهای ولایت فقیه در دانشگاه ها را فراهم می‌کند.
تجربه همه سال های بعد از انقلاب فرهنگی! نشان داده است که ولایت فقیه تنها موفق به سرکوب دانشگاه شده ولی هرگز موفق نشده است تا دانشگاه را به تسلیم وادار کند.
بسیاری از افرادی که در تابستان ۶۷ در مخالفت با ولایت فقیه اعدام شدند، دانشجویانی بودند که مسیر آزادی خواهی کار آنها را به زندان کشانده بود. خیزش دانشجویی تیر ۷۸ و اعتراضات گسترده سال ۸۸ با حضور فعال دانشجویان، نشان داد که دانشگاه به ولایت فقیه تسلیم نخواهد شد.
امروز نیز بیشترین هراس نظام مقدس! از دانشجو و دانشگاه است. خامنه ای به وضوح می‌داند که دانشگاه موتور محرک جامعه است. او می‌داند وقتی که دانشگاه به حرکت در بیاید در پشت دیوارهای خودش متوقف نخواهد ماند و راهش را به خیابان ها خواهد گشود.